Das Presidio ist ein historischer Militärstützpunkt in strategisch günstiger Lage an der Spitze der Halbinsel, direkt am Golden Gate, der Einfahrt in die Bucht von San Francisco. Es wurde seit der Gründung durch die Spanier im Jahr 1776 bis 1994 nacheinander vom Militär Spaniens, Mexikos und der Vereinigten Staaten genutzt und ist damit der am längsten genutzte Militärstützpunkt in den USA.
Die Wohnbezirke von Mannschaften und Offizieren sowie gewerbliche Bauten am Rand des Geländes sind fast vollständig vermietet. Einige der Offiziersgebäude mit spektakulärem Blick auf die Golden Gate Bridge und die Bucht von San Francisco gehören zu den wertvollsten Wohnlagen der Welt und erzielen entsprechende Mietpreise. Derzeit finanziert sich der Trust überwiegend aus den Einnahmen der vermieteten Wohnungen. Aus den Einnahmen plant der Presidio Trust mittelfristig das Gelände nach Gesichtspunkten des Naturschutzes aufzuwerten. In den Wäldern am Rand des Presidios und auf Erholungsflächen sollen einheimische Pflanzen bevorzugt werden. Die größte Planung ist die Wiederherstellung der Tennessee Valley Hollow Watershed, einer seit Anfang des 20. Jahrhunderts verrohrten Quelle mit den natürlichen Wasserläufen in den Hügeln auf der Westseite.